Налоговое законодательство по НДС содержит ряд налоговых преференций, имеющих прямое отношение к налогоплательщикам, оказывающим транспортные услуги.

Статья 149 Налогового кодекса Российской Федерации предусматривает перечень операций, не подлежащих налогообложению (освобождаемых от налогообложения) НДС, в том числе реализация услуг по перевозке пассажиров автомобильным транспортом (за исключением такси, в том числе маршрутного) в пригородном сообщении при условии осуществления перевозок пассажиров по единым тарифам с предоставлением всех льгот на проезд, утвержденных в установленном порядке.

Понятие пригородных и междугородних перевозок определено в ст. 4 Федерального закона от 8 ноября 2007 г. N 259-ФЗ "Устав автомобильного транспорта и городского наземного электрического транспорта". В соответствии с указанной нормой к пригородным перевозкам относятся перевозки, осуществляемые между населенными пунктами на расстояние до пятидесяти километров включительно между границами этих населенных пунктов. Перевозки между населенными пунктами на расстояние более пятидесяти километров между границами этих населенных пунктов отнесены к междугороднему сообщению.

Полученная налогоплательщиком выручка от перевозок в междугороднем сообщении подлежит обложению НДС в общеустановленном порядке. При этом, неправильное определение налогоплательщиками вида транспортного сообщения может привести к неполной уплате НДС.

Примером является результаты выездной налоговой проверки проведенной в отношении крупнейшего налогоплательщика. Обществом осуществлялись перевозки в городском, пригородном и междугородном сообщении. На каждый маршрут регулярных пассажирских перевозок составлялись паспорта и схемы маршрутов, где определен вид транспортного сообщения, утвержденный и согласованный Государственным комитетом Республики Башкортостан по транспорту и дорожному хозяйству. Паспорт автобусного маршрута является основным документом, характеризующим: маршрут, наличие линейных сооружений, остановочных пунктов, расстояния между ними и прочее.

В ходе выездной налоговой проверки установлено 26 автобусных маршрутов, по которым расстояние от границ начального населенного пункта до границ конечного населенного пункта составляло более 50 километров. На основании утвержденных и согласованных паспортов автобусных маршрутов данные перевозки были отнесены к пригородному сообщению.

Таким образом, обществом не облагалась НДС выручка по междугородним маршрутам, которые неправомерно отнесена к пригородным. Не включение в налоговую базу выручки по перевозке пассажиров, относящихся к междугороднему сообщению, привело к неуплате суммы НДС.